© AFP 2022 / Jessica GowПассажиры, заходящие на станцию метро в Стокгольме
© AFP 2022 / Jessica Gow
Побочную ветвь “омикрона” — BA.2 — выявили уже в 40 странах, а в Дании она доминирует. У новой линии еще больше мутаций, чем у родительской. Главный вопрос — как они меняют свойства штамма.
“Омикрон” раздвоился
Спустя пару недель после открытия “омикрона” (официальная номенклатура — B.1.1.529) ученые, анализируя геномы из Южной Африки, Австралии и Канады, обнаружили побочную ветвь. Шестого декабря ей присвоили код в системе Pango — BA.2. Судя по эволюционному древу, она отпочковалась от основного ствола BA.1 в середине ноября.
У нее есть большинство свойственных “омикрону” мутаций, но добавилось много новых. А вот делеции 69/70 нет, и это затрудняет идентификацию. Настраивая ПЦР под определенные изменения в S-белке, ученые придумали, как отличать “дельту” от уханьского, а “омикрон” — от “дельты”. С BA.2 это не работает: вычислить линию можно только секвенированием генома.
Эта особенность ввела в заблуждение журналистов британской газеты Guardian, с чьей легкой руки заговорили об “омикроне-невидимке”. На самом деле, ПЦР-тесты выявляют этот вариант SARS-CoV-2. И антигенные экспресс-тесты лучше реагируют на BA.2, чем на BA.1, согласно данным лаборатории Блум в Сиэтле.
Here are site-wise plots generated from https://t.co/dr4oGVHUrS that explain why. BA.2 less antigenic escape than BA.1 because it lacks G446S. BA.1 + R346K is more escape because site 346 is major antigenic site. (7/n) pic.twitter.com/bm8ZEN0Ty2
— Bloom Lab (@jbloom_lab) December 13, 2021
Новая ветвь стала быстро набирать обороты в Дании. В конце декабря на нее приходилось два процента от геномов “омикрона” в стране, загруженных в базу GISAID. Тогда же BA.2 обнаружили в деревенской общине в Швеции, в Сингапуре, 28 декабря его зафиксировали в Китае. Значит, вариант пошел гулять по миру.
Сейчас в публичном доступе почти семь тысяч геномов BA.2 из как минимум сорока стран. Большинство из Дании, где ветвь явно доминирует. Также ее много в Индии и Швеции. Есть еще линия BA.3, не получившая заметного распространения в мире.
© Иллюстрация РИА НовостиЛинии омикрона
© Иллюстрация РИА Новости
Пора волноваться?
У новой ветви 32 общие мутации с родительским “омикроном”, но также 28 отличий. Причем много изменений в S-белке сосредоточены в довольно консервативной области, что открывает практически бесконечные возможности для эволюции.
Как это сказывается на свойствах “невидимки”, вопрос открытый. Израильский генетик Шай Флейшон предполагает, что BA.2, возможно, более заразна. Что касается ее способности уходить от иммунного ответа и вызывать более тяжелое течение, то для такого вывода пока нет оснований. В любом случае, нужно больше данных, чтобы проанализировать вызываемые ею симптомы COVID-19.
Is BA.2 has a higher Rt than BA.1? well the data as presented routinely by @JosetteSchoenma and by using the amazing app @CorneliusRoemer made shows it might even be more transmissible. https://t.co/f8041Mh64N pic.twitter.com/k8NMYWlUVb
— shay fleishon (@shay_fleishon) January 17, 2022
А вот иммунолог Николай Крючков в интервью URA.ru заявляет, что боковые ветви “омикрона” имеют большое значение, поскольку направлены на противодействие иммунитету. “Скорее всего, будет “суперомикрон”, который усилит обход”, — заключает эксперт.
Один из первооткрывателей “омикрона” британский исследователь Том Пикок отмечает, что BA.2 широко распространяется в Индии, на Филиппинах, в Великобритании и Германии. Это говорит о более высокой скорости передачи от человека к человеку, чем у родительской линии, — хотя, казалось бы, куда еще быстрее. Согласно очень предварительным данным из Индии и Дании, “неуловимый омикрон” не увеличивает смертность.
As its been getting increasing attention recently, I'm going to write a short thread on what we currently know about BA.2.
-what is BA.2?
-what is BA.2 doing currently?
-Should we be concerned about it?
— Tom Peacock (@PeacockFlu) January 19, 2022
Вакцины, вероятно, дают одинаковую защиту против обеих линий “омикрона”, полагает Пикок. А заражение одной из них, скорее всего, вызывает перекрестный иммунитет. “Нужно ли беспокоиться из-за BA.2? По-моему, нет”, — пишет генетик в Twitter. Тем не менее следить за распространением новой ветви надо, поскольку она повлияет на ход пандемии.
Не исключено, что BA.2 вытеснит родительскую линию в ближайшие месяцы, предполагает ученый. Те страны, которые уже прошли пик заболеваемости, вызванный “омикроном”, вряд ли накроет новая волна из-за появления его разновидности. Но это пока спекуляции — аналитику делают, исходя из последовательностей BA.1. Нужно подождать пару недель, пока не накопятся данные по боковой ветви.
В России BA.2 пока не выявили, однако волна COVID-19 поднимается, эксперты сходятся во мнении, что она связана с “омикроном”. Власти прогнозируют до ста и более тысяч новых случаев в сутки. Лучшей защитой остается вакцинация.
17 января, 17:30Распространение коронавируса
В Швеции выявили новую мутацию омикрон-штамма